，稻草上常見的枯草桿菌（納豆菌）因可產(chǎn)生芽孢而耐熱度高。因此現(xiàn)代的制作方式，是利用蒸過的黃豆加上人工培養(yǎng)出的納豆菌混合后，直接放在容器中使之發(fā)酵，黃豆以外之某些食品亦能制成納豆。
現(xiàn)代在工廠制作的納豆
現(xiàn)代在工廠制作的納豆
而制作清酒時，原料的米中若不慎受納豆菌沾染，以其快速的繁殖速度，將抑制釀酒所需的酵母菌。釀清酒處所不可出現(xiàn)納豆，其他發(fā)酵食品可能也有類似情況，制程需多加留意。
納豆菌屬于弱酸性，會阻礙乳酸菌制造的乳酸。在技術(shù)上已經(jīng)開發(fā)出氣味較弱的納豆，但由于使用了活發(fā)性較低的納豆菌種，容易造成其他細(xì)菌的增殖空間。此外，納豆菌的天敵是會寄生在細(xì)菌上的噬菌體病毒，在噬菌體開始作用后會降低納豆菌的活動力，并可能造成其他細(xì)菌開始繁殖，因此應(yīng)避免食用超過保存期限的納豆