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    通過游離DNA來推斷基因表達
    
        
    
            佚名
            2024-06-04 08:42:23
        
    

        
    
           
    2016年09月05日訊 奧地利格拉茨醫(yī)科大學的研究人員發(fā)現
    ，在血漿中循環(huán)的游離DNA（cfDNA）能夠為預測基因表達提供線索。這項成果于周一發(fā)表在《Nature Genetics》上。
    通過挖掘活性或非活性轉錄起始位點上游的核小體差異
      ，奧地利的研究人員開發(fā)出一種方法，根據cfDNA的讀取深度模式來估計基因表達
      。他們利用100多名健康個體的血液樣本建立了這種方法
      ，并將其應用在數百名癌癥患者的樣本上。
    “我們利用全基因組測序數據來確定基因表達的狀況
    ，”文章的通訊作者
    ，格拉茨醫(yī)科大學的人類遺傳學研究人員Michael Speicher寫道?div   id="d48novz"   class="flower left">
    ！皩τ谀切┽尫臘NA進入循環(huán)系統的細胞
    ，我們的研究帶來了新觀點，并擴展了現有的cfDNA分析選項
    ?div   id="d48novz"   class="flower left">
    ！?/p>
    研究小組指出，漂浮在血液中的許多cfDNA代表了凋亡細胞的遺傳物質
    ，包括核小體中與蛋白質復合物配對的DNA
    。因此，研究人員推斷
    ，利用DNA讀取深度應該能夠揭示與基因轉錄活性相關的核小體印跡
    。之前的微球菌核酸酶（MNase）分析表明，在基因轉錄起始位點上游
    ，無核小體的DNA片段將被轉錄
    。
    考慮到這一點，他們首先著手研究與表達相關的核小體占據是否可通過cfDNA來檢測
    ，以及這種標志是否反映了基因表達
    。之后，研究人員進一步擴展了分析
    。他們獲取基因表達譜
    ，以便從癌癥患者的血液樣本中搜索癌癥驅動基因。
    研究人員從50名健康男性和54名健康女性中采集到179個血液樣本
    。他們利用Illumina的MiSeq和NextSeq儀器開展雙端測序
    ，以鑒定血漿中與核小體相關的核DNA
    。然后，他們生成了單端測序數據
    ，用它來評估轉錄起始位點周圍的讀取深度模式
    ，并參考現有的MNase圖以及ENCODE和FANTOM5項目的基因表達數據。這些信息也幫助研究人員開發(fā)出預測表達的算法
    。
    之后
    ，研究人員證明，對兩名乳腺癌患者的循環(huán)腫瘤DNA進行全基因組測序
    ，可獲取基因表達和拷貝數圖譜
    。于是，他們接著采集了其他癌癥患者的血液樣本
    ，包括轉移性結腸癌
    、肺癌或前列腺癌，查看了426個樣本的基因表達和拷貝數變化
    。
    研究人員指出
    ，這種方法似乎特別適合檢測影響癌癥驅動基因的擴增。不過
    ，他們警告說
    ，它可能不適合在微小殘留病的背景下評估循環(huán)腫瘤DNA。
    

          
    本文地址:http://m.mcys1996.com/jiankang/300860.html.
    
          
    
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                        2023-08-13
                    
    
                
    
                
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