2016年08月22日訊 去年秋天
全外顯子組測序似乎是更好的選擇
,原因就是兩個字:便宜。對基因組中非編碼區(qū)中的突變進行詮釋依然是個難題,因此目前大多數(shù)的數(shù)據(jù)仍不可用,來自魯汶大學的Adrian Liston說。但盡管如此
,去年PNAS發(fā)布的一種head-to-head比對新方法指出,全基因組測序對于檢測發(fā)現(xiàn)罕見病候選突變來說更為有效。研究案例:
哥倫比亞大學的的研究組為了尋找“毛人”或者“毛孩”疾病的成因
,對患者及其父母進行了全外顯子測序。生物信息學分析發(fā)現(xiàn)了26個基因變異,它們在患者中是純合子,在父母中則是雜合子。文獻綜述將范圍縮小到3個基因,然后,對毛囊的分析將其縮小至2個。一個基因--ABCA5,位于其他五例報道的CGHT的相關區(qū)域。測序表明,在這名患者中發(fā)現(xiàn)的突變,可過早地終止基因。利用免疫熒光和免疫組化方法,研究小組確定,ABCA5--一個膽固醇轉運蛋白基因,在對照者的皮膚和毛囊中表達,但是在患者的毛囊和皮膚中卻大大降低。先天性全身終毛增多癥(congenital generalized hypertrichosis terminalis
,CGHT)是一種非常罕見的疾病,發(fā)病率未知采用與你的患者盡可能相似的參考人群
譬如千人基因組計劃中的大規(guī)模參考人群也許并不合適于您的研究項目
盡可能分析一個家庭
分析父母
,或者理想情況下,健康的兄弟姐妹的外顯子,“如果你要尋找de novo 突變,這個就是必需的,”Liston說。閱讀更多的文獻
生物信息學工具可以幫助你縮小候選基因的范圍
,通過閱讀相關基因文獻就能做到這一點。借助團隊的力量
將候選列表中的基因從10個減少到1-2個并不容易,可以組建一個專家團隊
,包括了解特定疾病進程的專家,讓他們來幫助你確定候選基因。組建后的團隊通過多次碰面討論,進行決策,比如在其他家庭成員中發(fā)現(xiàn)某個特殊的突變(Sanger validation)。為發(fā)布論文尋找證據(jù)
Liston在準備他的論文時
,需要尋找第二個收到同樣突變影響的獨立家庭,但他沒有找到,為此他求助了其它支持證據(jù),比如細胞系或者動物模型。基因突變對于大家來說是一個未知數(shù),那么
,基因突變會引起什么病呢本文地址:http://m.mcys1996.com/jiankang/303744.html.
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,還特別癢一定要分清是汗皰疹還是手蘚